Το Γυμνάσιο Κοξαρές βρίσκεται στο ομώνυμο ιστορικό χωριό της Κοξαρές του Δήμου Αγίου Βασιλείου του Ν. Ρεθύμνου. Ιδρύθηκε το 1980 και στεγάστηκε στο δημοτικό σχολείο, ένα λιθόκτιστο κτήριο του 1957 με δύο αίθουσες και ένα μικρό γραφείο που ήταν κατειλημμένο από το αρχείο του Δημοτικού. Έτσι, ο πρώτος διευθυντής του Γυμνασίου (Φασούλης Γεώργιος, φιλόλογος) και οι πρώτοι καθηγητές (Δρυμάκη Μαρία φιλόλογος, Γαλανάκης Νικόλαος θεολόγος, Πελαντάκης Γεώργιος μαθηματικός) χρησιμοποίησαν τη σκιά ενός δέντρου ως «γραφείο !», έως ότου το Δημοτικό Σχολείο μεταστεγαστεί. Το συγκεκριμένο κτήριο είχε επίσης ένα ημιυπόγειο και μια μικρή αποθήκη που χρησιμοποιήθηκαν ως αίθουσες διδασκαλίας για δύο χρόνια.
Το 1982 συμπληρώθηκε με ένα προκατασκευασμένο κτήριο (προκάτ) δύο αιθουσών και ενός μικρού γραφείου ως προσωρινή λύση, για να καλύψει τις όλο και περισσότερο αυξανόμενες ανάγκες του σχολείου.
Το 1987 το παλιό κτήριο (Δημοτικό Σχολείο) διαμορφώθηκε σε τρεις αίθουσες διδασκαλίας, το δε ημιυπόγειο σε εργαστήριο Φυσικής και Χημείας και αίθουσα εκπαιδευτικής τηλεόρασης!
Το 1995 προστέθηκε ένα ακόμη λυόμενο κτήριο ως όροφος στο παλιό λιθόκτιστο κτίσμα αποτελούμενο από μια αίθουσα πολλαπλών χρήσεων και δύο αίθουσες διδασκαλίας.
Το 2002 το προκατασκευασμένο ισόγειο κτίσμα αντικαταστάθηκε από δύο νέες αίθουσες διδασκαλίας και γραφείο καθηγητών.
Το 2009 ολοκληρώθηκε το εν λόγω κτίσμα με έναν όροφο (τρεις ακόμη αίθουσες, ένα γραφείο καθηγητών και τουαλέτες για καθηγητές και μαθητές).
Έτσι, το σχολείο από το 2009 στεγάζεται
α) στο νεόδμητο κτήριο των 5 αιθουσών, όπου φιλοξενούνται οι 100 περίπου μαθητές του σχολείου (5 τμήματα) β) στο παλιό κτήριο, με τον «λυόμενο» όροφο, όπου λειτουργεί η ψηφιακή τάξη με την πλούσια σχολική βιβλιοθήκη, τα εργαστήρια Φυσικών Επιστημών και Πληροφορικής με σύγχρονο πλέον ηλεκτρονικό εξοπλισμό, το κυλικείο και δύο ακόμη αίθουσες.
Τα δύο σχολικά κτήρια συμπληρώθηκαν το σχ. έτος 2010-2011 με ένα γήπεδο 5X5 που θα συμβάλλει θετικά στην άθληση των μαθητών μια και ο αύλειος χώρος δεν ήταν αρκετός γι’ αυτό.
Το Γυμνάσιο Κοξαρές από ένα «χαμώγι» του 1980 εξελίχθηκε σε ένα σχολείο με σύγχρονη υλικοτεχνική υποδομή, πράγμα που συμβάλλει στην καθημερινά βελτιούμενη παροχή παιδείας μέσα σ’ αυτό. Η δημιουργία μάλιστα ιστοσελίδας θα αναδείξει έτι περαιτέρω το εκπαιδευτικό έργο με την επικοινωνία μαθητών – καθηγητών στο διαδίκτυο. Και όλα αυτά χάρη σ’ εκείνους που εργάστηκαν με αυταπάρνηση και συνέβαλαν μέσα από πολλές αντιξοότητες να πετύχουν αυτό που τη δεκαετία του ‘80 φαινόταν ακατόρθωτο.